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La Catedral Magistral de los Santos Niños Justo y Pastor de Alcalá de Henares se edificó en el lugar donde se supone martirizaron y dieron sepultura a los niños mártires alcalaínos Justo y Pastor. Que fueron degollados a comienzos del siglo IV por orden del prefecto Daciano.
Esta iglesia es una de las dos únicas en el mundo, junto con la de San Pedro de Lovaina, que tienen el título de Magistral, lo que significa que todos sus canónigos debían ser 'magister' de la Universidad.
El edificio fue una antigua colegiata reedificada por el cardenal Cisneros, a partir de 1497 hasta 1514 siendo sus artífices Antón y Enrique Egas y el alcalaíno Pedro Gumiel como maestro de obras, quienes optaron por un gótico tardío.
De la edificación anterior solo se mantienen la capilla subterránea de los mártires y la capilla funeraria del bachiller Pedro López o del “tránsito”.
Tiene tres naves y girola. La nave central está cubierta por bóvedas de crucería y de terceletes las laterales. La portada de la fachada principal es de estilo gótico flamígero, con un arco rebajado y tímpano decorado con los escudos de la Iglesia y Cisneros, y una imagen de San Ildefonso. En el Altar Mayor se encuentra el cuerpo incorrupto de San Diego de Alcalá.
Junto a la lonja en la que se abre la portada, se levanta la robusta torre, con una altura de 62,05 metros, diseñada por Rodrigo Gil de Hontañon, cuyo cuerpo de campanas se remató por un chapitel en estilo herreriano en el siglo XVII. Por el interior de la torre discurre una interesante escalera helicoidal.
La construcción de la Iglesia Magistral queda finalizada durante el reinado de Felipe III, cuando se completan el claustro y la sala capitulares actuales.
El exterior del templo es sencillo y austero. Las paredes están cubiertas por esgrafiados de tipo segoviano.
En 1904 la Magistral es declarada Monumento nacional.
A comienzos de la Guerra Civil Española el templo es incendiado sufriendo un terrible deterioro, perdiendo prácticamente todos sus tesoros. En el año 1947 se inician los trabajos de reconstrucción por Regiones Devastadas.
Magistral desde 1519 y Catedral desde 1991 es la única catedral gótica de la comunidad de Madrid.